Lijst van openbaar beschikbare datasets over chordoomen
Bekijk een uitgebreide lijst met openbaar beschikbare datasets over chordoomen, met zowel gepubliceerde als ongepubliceerde informatie die toegankelijk is voor onderzoekers en clinici. Deze dynamische spreadsheet bevat een breed scala aan gegevenstypen, waaronder RNA-seq, methylering, WES en WGS, en biedt waardevolle gegevens ter ondersteuning van onderzoek naar chordoomen en voor het vergroten van het inzicht in deze aandoening.
Sequentiegegevens van het model
De Chordoma Foundation heeft een uitgebreide karakterisering uitgevoerd van 21 chordoom-cellijnen en 12 patiënt-afgeleide xenotransplantaatmodellen (PDX) met behulp van Whole Exome Sequencing (WES) (100X, 150 bp paired-end) en whole-transcriptoomsequencing (WTS) (80 miljoen reads, 150 bp paired-end). Elk model onderging WTS op vier biologische replicaten (d.w.z. afzonderlijke PDX-tumoren of kweekschalen met cellen) over ten minste twee passages om rekening te houden met variabiliteit in gen-expressie.
De ruwe sequentiegegevens kunnen worden gedownload op Cavatica.
De samenvattende sequentiegegevens van de modellen zijn beschikbaar op PedcBioPortal.
Instructies voor het verkrijgen van toegang tot de ruwe sequentiegegevens in Cavatica
Maak een account aan op Cavatica en vraag toegang aan tot de 'Chordoma Foundation Dataset'. Zodra de toegang is goedgekeurd, zoekt u de bestanden in de submappen 'Model_Data_Batch_1' en 'Model_Data_Batch_2'. De meest recente RNA-Seq-gegevens zijn te vinden in de map 'Model_Data_Batch_2', met name in de submap 'source-data'.
Bij het navigeren door Cavatica geeft de kolom ‘Sample ID’ de modelnaam aan, terwijl ‘Sample Type’ aangeeft of het om een cellijn of een PDX gaat. De relevante bestanden zijn onder „Experiment Strategy“ gecategoriseerd als RNA-Seq. Elk model bevat N=4 biologische replicaten van RNA-Seq-bestanden, waarbij de replicatiebestanden zijn gelabeld als R1, R2, R3, R4 of soms D1. Let op: de gegevens voor de 21 cellijnen en 12 PDX’en beslaan meerdere pagina’s.
Hier volgt wat informatie over het downloaden van bulkgegevens uit Cavatica.
Neem contact met ons op als u hulp nodig hebt bij het verkrijgen van toegang tot de gegevens of bij het navigeren door de gegevens.
Abonneren op de laatste onderzoeksvorderingen
Schrijf u in voor onze nieuwsbrief om op de hoogte te blijven van de nieuwste ontwikkelingen in de wetenschap over chordomen, om op de hoogte te blijven van nieuwe financieringsmogelijkheden en om te weten te komen welke aanvullende middelen voor u beschikbaar zijn.
