Modelvolgordegegevens
De Chordoma Foundation heeft een uitgebreide karakterisering uitgevoerd van 21 chordoom cellijnen en 12 patiënt-afgeleide xenograft (PDX) modellen met behulp van Whole Exome Sequencing (WES) (100X, 150bp paired-end) en Whole Transcriptome Sequencing (WTS) (80M leest, 150bp paired-end). Elk model onderging WTS op vier biologische replicaten (d.w.z. verschillende PDX-tumoren of kweekschalen met cellen) over ten minste twee passages om rekening te houden met variabiliteit in genexpressie.
De ruwe sequencinggegevens kunnen worden gedownload op Cavatica.
De samenvattende gegevens van de modelsequencing zijn beschikbaar op PedcBioPortal.
Instructies voor toegang tot ruwe sequencing data in Cavatica
Registreer voor een account op Cavatica en vraag toegang aan tot de 'Chordoma Foundation Dataset'. Zodra de toegang is goedgekeurd, zoekt u de bestanden in de submappen 'Model_Data_Batch_1' en 'Model_Data_Batch_2'. De meest recente RNA-Seq-data zijn te vinden in de map 'Model_Data_Batch_2', met name in de submap 'source-data'.
Bij het navigeren door Cavatica geeft de kolom "Sample ID" de naam van het model aan, terwijl "Sample Type" cellijn of PDX aangeeft. De relevante bestanden zijn onder "Experiment Strategy" gecategoriseerd als RNA-Seq. Elk model bevat N=4 biologische replicaat RNA-Seq bestanden, met replicaat bestanden gelabeld R1, R2, R3, R4, of soms D1. Let op, de gegevens voor de 21 cellijnen en 12 PDX'en beslaan meerdere pagina's.
Hier vindt u informatie over het downloaden van gegevens in bulk bij Cavatica.
Als u hulp nodig heeft bij het openen van de data of bij het navigeren, neem dan contact met ons op.
Lijst van openbaar beschikbare chordoom datasets
Bekijk een uitgebreide lijst van openbaar beschikbare chordoom datasets, met zowel gepubliceerde als ongepubliceerde informatie voor onderzoekers en clinici. Deze live spreadsheet bevat een scala aan datatypes, waaronder RNA-seq, methylering, WES en WGS, en biedt waardevolle gegevens om het onderzoek naar chordomen te ondersteunen en inzichten te vergroten.
Abonneren op de laatste onderzoeksvorderingen
Schrijf u in voor onze nieuwsbrief om op de hoogte te blijven van de nieuwste ontwikkelingen in de wetenschap over chordomen, om op de hoogte te blijven van nieuwe financieringsmogelijkheden en om te weten te komen welke aanvullende middelen voor u beschikbaar zijn.
