Onze aanpak
Om TBXT-geneesmiddelentherapieën beschikbaar te maken voor chordoompatiënten werkt de Chordoma Foundation actief aan het mogelijk maken, verminderen van risico's en versnellen van elke fase van het TBXT-proces van ontdekking en ontwikkeling van geneesmiddelen:
Het financieren van fundamenteel onderzoek naar TBXT-functies
Het ontwikkelen van gedeelde informatie, hulpmiddelen en datasets die onderzoek mogelijk maken
Het aanbieden van een reeks ontdekkingsbiologische en translationele onderzoeksmogelijkheden via Chordoma Foundation Labs
Samenwerking met bedrijven en onderzoekers om efficiënte geneesmiddelenontwikkeling mogelijk te maken
Samenwerken
Door gebruik te maken van onze laboratoriumcapaciteiten willen we samenwerken met bedrijven en onderzoekers om TBXT-doelende moleculen door alle ontwikkelingsstadia te loodsen.
Onze ondersteuning is afgestemd op de specifieke behoeften van elk programma.
We nodigen u uit contact op te nemen met ons team om te onderzoeken hoe we uw unieke expertise en belangen kunnen aanvullen om TBXT te drogeren.
Hit identificatie en validatie
We bieden toegang tot high-throughput screeningtests om TBXT-doelende moleculen te identificeren en hun potentieel te beoordelen. Ons doel is om de drempel voor het bereiken van doelen met TBXT te verlagen en snelle go/no-go beslissingen mogelijk te maken.
Hit-to-lead optimalisatie
We kunnen iteratieve test- en ontwerpcycli ondersteunen om verdere optimalisatie van TBXT-doelende verbindingen te vergemakkelijken, zodat lead-kandidaten kunnen worden geïdentificeerd.
Leadoptimalisatie en verder
We zijn geïnteresseerd in het aangaan van partnerschappen om kandidaten vooruit te helpen via leadoptimalisatie, preklinische ontwikkeling en uiteindelijk via IND-aanvraag en klinische ontwikkeling.
Beschikbare informatie
Gezuiverd TBXT-eiwit
Recombinant TBXT (volledig eiwit of het geïsoleerde DNA-bindingsdomein), geëxpresseerd in E.coli en gezuiverd met affiniteits- en grootte-exclusiechromatografie.
TBXT volledig (C-terminale AviTag)
DNA-bindend domein (binnenkort beschikbaar)
Proliferatie van cellen
CellTiter-Glo proliferatie-assay(protocol link)
Onze partners van het Structural Genomics Consortium (SGC) hebben de volgende open access datasets geproduceerd die relevant zijn voor het ontdekken van TBXT-geneesmiddelen:
TBXT SGC TEP
TBXT DNA-bindend domein (kristalstructuur gebonden aan DNA)
Preklinische chordoommodellen
We hebben een verzameling gevalideerde en goed gekarakteriseerde chordoomcellijnen, CDX- en PDX-modellen verzameld die beschikbaar zijn in onze archieven. Meer informatie vindt u hier.
Beschikbare mogelijkheden
Gemanipuleerde cellijnen
- We hebben chordoom en andere TBXT-positieve tumorcellijnen ontworpen om een doxycycline-induceerbaar TBXT shRNA tot expressie te brengen. Induceerbare TBXT knockdown is gevalideerd met Western blots, immunofluorescentie en/of RT-PCR. Deze lijnen brengen ook constitutief GFP tot expressie. De volgende gemanipuleerde cellijnen zijn beschikbaar via samenwerking met CF Labs:
- U-CH1 (chordoom) TBXT shRNA
- H460 (NSCLC) TBXT shRNA
- SW480 (colorectaal) TBXT shRNA
Bindende en structurele analyses
Oppervlakteplasmonresonantie (SPR): We gebruiken een Biacore 8K SPR-systeem om TBXT-liganden te ontdekken. Gezuiverde, gebiotinyleerde TBXT wordt geïmmobiliseerd op een met streptavidine gecoate sensorchip en de binding van verbindingen aan TBXT wordt beoordeeld met behulp van steady-state affiniteit. U kunt hier meer te weten komen over ons protocol.
Biomoleculaire NMR (binnenkort)
Kristallografie (binnenkort)
Structurele bio-informatica ( verschijnt binnenkort)
TBXT reportertest
Om te bepalen of stoffen TBXT functioneel remmen, hebben we H460-cellen zo ontworpen dat ze GFP tot expressie brengen stroomafwaarts van een TBXT-responselement. We kunnen de remming van TBXT in hoge doorvoer beoordelen door de GFP-niveaus te controleren met een fluorescentieplaatlezer.
Functionele testen
Genreportertest om remming van de transcriptionele activiteit van TBXT te beoordelen
qRT-PCR om de expressie van TBXT doelen te meten, waaronder TBXT, YAP1 en KRT8.
Xenograft onderzoeken naar werkzaamheid
Werkingsmechanismeonderzoeken
Remming van DNA-binding (elektroforetische mobility shift assay/DNA gel-shift assay protocol)
TBXT-afbraak en reddingstest
Waarom TBXT?
TBXT-expressie is een bijna universeel kenmerk van chordomen. Deze transcriptiefactor is een essentiële regulator van de ontwikkeling van de notochorda in het embryo en er zijn steeds meer aanwijzingen dat het een meesterregulator is van chordomen en nodig is voor tumorgroei. Met name functionele genomische studies hebben TBXT geïdentificeerd als een belangrijke genetische essentie in chordoom cellen. Het blijkt ook minimaal tot expressie te komen in gezonde volwassen weefsels, waardoor het een aantrekkelijk therapeutisch doel is.
Behalve met chordomen wordt TBXT ook in verband gebracht met tumorgroei, therapieresistentie en een slechte uitkomst voor patiënten bij verschillende andere vormen van kanker, waaronder long-, colon-, borst- en prostaatkanker.
Dit onderstreept de potentiële waarde van TBXT als doelwit voor geneesmiddelen met een relevantie die veel verder gaat dan chordomen.
(Foto: Chordoom patiënt Dimitrios bezoekt Chordoma Foundation Labs met zijn vader, Theodore)
Meer over de rol van TBXT bij chordomen en andere solide tumoren
Ga met ons in zee
Als u een bedrijf of onderzoeker bent die TBXT als therapeutisch doel wil onderzoeken, dan nodigen we u uit om contact met ons op te nemen voor meer informatie over hoe we uw inspanningen kunnen ondersteunen.
Of als u een financier of donateur bent met als doel een zinvolle bijdrage te leveren aan de strijd tegen chordomen en andere vormen van TBXT-geassocieerde kanker zoals long-, darm-, borst- en prostaatkanker, dan nodigen wij u uit om een bijdrage aan dit werk te overwegen.